Il Villaggio bizantino occupa una vasta area compresa tra il Vallone Canalotto e il Bosco di Casa del Mastro, un contesto di grande interesse naturalistico, dato dalla grande e netta differenza di vegetazione che caratterizza le due zone.
Il Bosco di Casa del Mastro, che ospita la zona sommitale del sito, è l’esempio più comune di rimboschimento attuato nel corso degli ultimi 50/60 anni dalla forestale, con esemplari di eucalipti che si alternano a pini domestici, pini d’Aleppo e pini marittimi. Più rari i cipressi, e ancora di più gli esemplari di roverella, la cui piantumazione è stata ripresa solo nell’ultimo decennio. Qua e là, fanno tuttavia capolino anche tipici esempi di macchia mediterranea, come olivastri, terebinti e carrubi.
Data la forte presenza di pini ed eucalipti, poco spazio è lasciato al sottobosco, caratterizzato soprattutto da ampelodesma, cisto villoso, cisto bianco e timo. Ciononostante, tra l’inverno e la primavera, è abbastanza comune imbattersi in splendide orchidee e iris, soprattutto l’orchidea Italica (omino nudo), la barlia robertiana, l’ophrys fusca, la bellavedova e il giaggiolo, ma anche in altri tipi di piante come la scilla marittima, l’asfodelo e la sternbergia, che non disdegnano i terreni calcarei.
La fauna di questa zona del sito, è caratterizzata soprattutto da volatili come gazze, ghiandaie, colombacci, taccole, cornacchie, corvi imperiali, e non è raro vedere nel cielo la classica posizione dello “Spirito Santo” assunta dal gheppio e i cerchi concentrici disegnati dalla poiana, o sentire il picchio rosso battere col becco sui fusti degli alberi.
Inequivocabili le tracce lasciate dal sempre più raro coniglio selvatico, dalla volpe, dal riccio e dall’istrice, o i versi della civetta, dell’assiolo o del barbagianni, animali la cui presenza è accertata anche nella zona a valle. Idem per quel che riguarda la lucertola siciliana, il gongilo, la lucertola muraiola, il ramarro, il geco verrucoso e quello comune, che si possono trovare indifferentemente nel Bosco di Casa del Mastro o nella zona del vallone.
Il Vallone Canalotto, ricco di sorgenti, è custode di un antico patrimonio naturalistico, caratterizzato dalla tipica macchia mediterranea. Querce, soprattutto roverelle, alcune delle quali secolari, e poi mirti, alaterni, perastri, e svettanti pioppi neri, bianchi e tremuli, a ricordare quella che un tempo era la tipica vegetazione di tutta quest’area.
La vegetazione bassa, è costituita perlopiù da salsapariglia, rosa canina, edera, felce, equiseto, anche se localizzato solo in prossimità di una sorgente d’acqua sulfurea, e capelvenere, presente sulle umide pareti di roccia delle tante sorgenti d’acqua. Piante come nepitella, verbasco, ginestra, mandragora, artemisia, pungitopo, finocchio selvatico, valeriana rossa, iperico, ferula e acanto, sono tanto comuni in questa parte bassa del sito, quanto in quella a monte, nella zona del Bosco di Casa del Mastro, anche se in percentuale minore.
Data la presenza delle sorgenti, tra gli animali più comuni che vivono nella zona del vallone, vi è la rana verde, il discoglosso, il rospo comune e quello smeraldino, il biacco e la biscia dal collare.
Tra i volatili, molto comune è il merlo, la cinciarella e lo scricciolo, mentre tra i mammiferi, oltre al già citato coniglio selvatico, alla volpe, all’istrice e al riccio, presenti anche nel Bosco di Casa del Mastro, vi sono varie specie di pipistrelli ed è segnalata la sporadica presenza di cinghiali.
L’alternarsi delle stagioni, poi, porta in dote a tutta l’area un trionfo di colori: dalle varie sfumature di orchidee, iris, cisti e sternbergie, al blu dei fiori della borragine e del centocchio dei campi, dal giallo di ranuncoli, boccioni, ginestre e acetoselle, al viola di succiamele, lampascioni e bituminosa, dal rosa di vilucchio e centauro maggiore alle straordinarie forme e colori dei fiori del cappero.